Базовыми подразделениями, которые осуществляют и организуют научно-исследовательскую деятельность в ИИЭСМ, являются как кафедры, так и научно-образовательные центры.
Научные и научно-образовательные центры в составе ИИЭСМ:
1. НОЦ Водоснабжение и водоотведение (НОЦ ВиВ);
2. НОЦ Теплогазоснабжение и вентиляция (НОЦ ТГВ);
3. НОЦ Научно-образовательный центр "Умный город" бывший НОЦ Интеллектуальных систем и автоматики в строительстве (НОЦ ИСИАС), в составе кафедры АиЭ);
4. Инжиниринговый центр "Системотехника строительства";
5. Корпоративная кафедра Малая механизация строительства (КК ММС);
Подготовка научно-педагогических кадров (выпускников аспирантуры и докторантуры) традиционно сохраняется на кафедрах с учетом сложившихся традиций коллективов и научных школ.
