Институт инженерно-экологического строительства и механизации (ИИЭСМ) ФГБОУ ВО НИУ МГСУ создан в 2011 году на базе реорганизованного в тот период Института строительства инженерной инфраструктуры (ИСИИ) путем объединения старейших факультетов МИСИ – Водоснабжения и водоотведения (ВиВ), Теплогазоснабжения и вентиляции (ТГВ), Механизации и автоматизации строительства (МиАС).
Со дня основания и до июля 2013 года институтом руководила профессор, к.т.н., Советник РААСН Елена Сергеевна Гогина. Затем, с сентября 2013 по июль 2014 года обязанности директора ИИЭСМ исполнял профессор, к.т.н. Михаил Алексеевич Степанов. С июля 2014 года по июль 2020 года директором института работал к.т.н. Кирилл Игоревич Лушин.
Важной вехой в истории института стало открытие нового профиля подготовки работников для сферы жилищно-коммунального хозяйства и создание в начале 2015 года в составе ИИЭСМ кафедры Жилищно-коммунального комплекса (ЖКК). В тот же период в институт перешли многие обучающиеся и работники недавно расформированного Института жилищно-коммунального комплекса (ИЖКК). Таким образом, ИИЭСМ стал правопреемником и хранителем истории большей части когда-то существовавшего в МГСУ-МИСИ факультета Городского строительства и хозяйства (ГСХ).
В июне 2015 года в ИИЭСМ на кафедру Электротехники и электропривода (ЭиЭ) вместе с обучающимися перешла группа специалистов по направлениям подготовки "Автоматизация технологических процессов и производств" и "Управление в технических системах". Таким образом, институт начал подготовку бакалавров по системам автоматизации зданий и технологических систем.
Весной 2016 года произошла значительная реорганизация института. В единые подразделения были объединены кафедры Водоснабжения (ВС) и Водоотведения и водной экологии (ВиВЭ) и кафедры Отопления и вентиляции (ОиВ) и Теплотехники и теплогазоснабжения (ТТГС). В результате объединений в составе института появились кафедры Водоснабжения и водоотведения (ВиВ) и Теплогазоснабжения и вентиляции (ТГВ). Тогда же была ликвидирована кафедры Электротехники и электропривода (ЭиЭ) и создана новая кафедра Автоматизации и электроснабжения (АиЭ). В результате всех преобразований с сентября 2016 года в ИИЭСМ стало 5 кафедр вместо 7.
10 мая 2018 года Приказом Ректора №158/130 НОЦ "Интеллектуальных систем и автоматики в строительстве" (ИСИАС) в составе кафедры Автоматизации и электроснабжения переименован в Научно-образовательный центр "Умный город".
В сентябре 2019 года в институте началась подготовка по двум новым магистерским программам: "Теплогазоснабжение и вентиляция" и "Умный город. Технологии.".
